（一）生态旅游特殊专项化与经济效益之间的矛盾
大众旅游不利于生态环境的保护，不利于承担环境保护的责任，不利于公平分配利益相关者之间的利益。生态旅游是实现可持续旅游的一种发展模式，比大众旅游更注重对当地自然和文化的保护、更注重对旅游者的教育，消费高于国内大众旅游的消费水平，是高层次的旅游活动。所以从目前我国的形势来看，生态旅游应该是特殊专项化的，但特殊专项化能带来保护资源所需要的大量资金吗？我国生态旅游正处于初级发展阶段，各个方面都不成熟，开展还受到诸多限制，其接待人数、经济收入是主要的考核指标，恐怕真正意义上的生态旅游难以担此重任。所以这就造成了生态旅游特殊专项化与经济效益之间的矛盾。在这方面的案例依据是国家级重点风景名胜区张家界武陵源，为了经济利益进行无节制、超容量的开发。

（二）生态旅游地差别迥异，认证标准难以统一
在生态旅游泛化现象日益严重的推动下，不少专家学者投身于生态旅游的认证和标准的建立，以期能在全国乃至全世界范围内通行，通过此认证标准的就是生态旅游景区，打造生态旅游的示范基地，统一规范“混乱”的生态旅游市场。但随着生态旅游的发展，生态旅游标准的发展呈现多样化的特征，认证项目数量急剧增加，但只有少数的国际性标准正在形成和推广。还有很多认证体系是建立在国外经典的认证体系基础上的，但盲目采用舶来发达国家的标准，不利于我国对生态旅游的发展和引导规范。各个生态旅游地的资源特色不同，所认证的重点和核心要素不一，很难在全国范围内建立统一的标准。